リポジトリで本文を見ると、通常の冊子とは違う形で表示されました。なにか違いがあるのですか?

学術論文は、査読を経て論文が受理された後、出版者側で文言レベルの校正や版組を行ったのち、出版されます。リポジトリで本文を公開する際、出版されたものを複製して公開することが認められていない場合、査読済みの「著者版最終原稿(accept manuscript)」を公開しています。
リポジトリで公開している本文のバージョンは2種類です。
 ・publisher : 出版者版。出版流通形態と同一のもの。
 ・author : 著者版最終原稿(accept manuscript)。査読が済み掲載の受諾がされた段階の原稿のこと。出版物と文言レベルの相違があり、版組、図版の編集等は行われていないが、内容の保証はされている。

本文がどのバージョンにあたるかは、書誌詳細「著者版フラグ」で確認できます。なお、それ以外のバージョンや、本文を公開しない場合は、著者版フラグの項目を「NA」としています。